재래군선은 2층인데다 선저층과 갑판위를 포함하여 2층이며, 노군과 포군이 2층 간판위에서 함께 활동하여 전투행위가 불편하며, 검술에 능한 왜적이 뛰어들 경우 노군과 포군이 살해된다.

이러한 단점을 보안하기 위해 재래군선의 4면을 막고 위에 지붕은 평면지붕을 얹어, 노군을 보호하면서 전투행위를 하는 편리하고 우수하게 개량된 함선이 판옥선이다.

판옥선은 조선수군의 주력 전투함이며, 임란 당대의 가장 우수한 함선이다.

판옥선의 우수한 성능은 임진왜란 해전에서 훌륭하게 발휘 되었다.